故事从传说中的夸克族与暗黑族开始延伸。善良与邪恶形成两势力对抗，加入「萌学园」里的萌骑士团结在一起保护结界。萌学园里的魔法预言书蕴藏著什麼天大的秘密？奈亚公主及忧伤艾瑞克纯纯的情愫正在发酵，误闯萌学园的坚尼，会为萌骑士团…

萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年月，是一所由夸克族人组成的魔法黉舍，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星艾瑞克（利昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星焰王（林奕勋 饰）、十之星欧趴（阿本 饰）和月之星…

萌学园之萌骑士传奇》是一部很特别的魔法偶像剧，也是幼幼台今年开台十周年台庆的大戏，要给观众们一个全新的视觉感受，萌学园是一个魔法学园，每个人都有特别与众不同的魔法，戏里会有很多的特效 也有很精采的感情戏。……

力量强大的海地司进入反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启时空裂缝！窜出的暗黑气息连带影响日月潮汐，夸克族即将灭亡！萌学园人心惶惶，学生们纷纷出走，长老会新派任的校长要追查出隐藏在反噬镜里的秘密……